Öte yandan, okul İstanbul'a gelen işgalci kuvvetlerin büyük binalara el koymaları tehditi altındadır. Ne varki, müdür Salih Arif Bey İngilizler'in okula el koyacağı haberini alınca Fransızlarla anlaşarak, okulun Fransızlar tarafından işgal edildiğini duyurur. Neticede İstiklal Caddesi üzerinde Galatasaray Karakolu ve postaneden başka tek Türk bayrağı çekebilen bina Mekteb-i Sultani olur.